Les initiatives > Soutien à la recherche > Grand Est

Le LPCT simule des molécules pour lutter contre le Covid

Université de Lorraine

Contexte : Des chercheurs du LPCT (Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques) ont décidé d’utiliser la simulation moléculaire pour comprendre le comportement du Covid et proposer ainsi des médicaments rationnellement développés.

 

Objectif : Les techniques numériques peuvent permettre de comprendre et visualiser quels sont les mécanismes microscopiques, à l’échelle des atomes, qui permettent le fonctionnement du virus et expliquent sa contagiosité et mortalité. Comprendre ses mécanismes peut permettre d’identifier les médicaments potentiels qui pourront être envisagés pour freiner la contagion ou limiter les effets sur les organismes humaines. Il s’agit donc d’utiliser les techniques dites de simulation moléculaire, qui permettent de décrire les structures et les mouvements des systèmes biologiques, tels que des protéines interagissant entre elles.

 

Ces travaux se font dans le cadre du projet "SeekAndDestroy". La grande puissance de calcul requise est rendue possible grâce au supercalculateur national Jean Zay. Depuis plusieurs semaines, des centaines de processeurs tournent en permanence pour permettre ces calculs, ce qui représente l’équivalent de plusieurs mois de calculs sur une simple machine.

Le projet "SeekAndDestroy" cible deux protéines du virus :

- la protéine dite « Sars unique domain », qui permet au virus d’échapper aux systèmes de défense de la cellule. Le LPCT a déjà montré que ce mécanisme se fait par le biais de l’interaction avec un brin d’ARN. Perturber cette interaction par des médicaments spécifiques permettrait de réduire la résistance du virus.
- la protéine « spike » qui permet au virus d’infecter les cellules en interagissant avec la protéine humaine dite ACE2. Les chercheurs du LPCT veulent comprendre les mécanismes de cette interaction pour proposer des médicaments capables de la perturber et donc de limiter, ou empêcher, la capacité du virus d’infecter les cellules humaines.

 

Indicateur(s) d’atteinte de ces objectifs : Les chercheurs ont déjà obtenus des résultats importants soumis à la communauté scientifique et restent fortement mobilisés. Ces travaux qui permettent de comprendre les mécanismes moléculaires à la base de l’action, pourront aussi permettre de contrer d’éventuels phénomènes de résistances suite à des mutations du virus.

 

En savoir plus

Marie-Caroline DEVIGNE

  Université de Lorraine